Emilie Mayers Werk umfasst eine beachtenswerte Anzahl von Frauen selten gewählter Gattungen - 8 Symphonien, 7 Konzert-Ouvertüren (darunter die erfolgreiche Ouvertüre zu 'Faust' op. 46), ein Klavierkonzert, ein 'Rondo militaire' sowie ein breites OEuvre an Streicher- und Klavierkammermusik. Charakteristisch für die zeitliche und stilistische Einordnung von Emilie Mayers Werken ist die Hinwendung zu jeweils einer oder wenigen Gattungen über einen längeren Zeitraum. Zu Beginn entstehen - ganz nach dem Vorbild ihres Lehrers Loewe - vor allem Lieder mit Singstimme. Aus ihrer frühen Stettiner Zeit in den 1840er Jahren stammen auch die 1. und 2. Symphonie. In der 1850 entstandenen 3. Symphonie in h-Moll vollzieht sich eine Hinwendung zu Beethovens Tonsprache, die sich auch in den Streichquartetten nachweisen lässt. Die acht im Nachlass erhaltenen Streichquartette entstehen bis 1858. Die stilistische Auseinandersetzung mit Beethoven wird durch Emilie Mayers Lehrer Adolf Bernhard Marx, der sie in diesem Zeitraum noch maßgeblich beeinflusste, angeregt und unterstützt.